A dolgok egyszerűsítése végett és hogy az XFree86-ot kompatibilisabbá tegyük a más rendszereken lévő X Window Rendszerrel, szükséges a következő szimbolikus hivatkozások (links) megléte:
/usr/bin/X11 -> /usr/X11R6/bin
/usr/lib/X11 -> /usr/X11R6/lib/X11
/usr/include/X11 -> /usr/X11R6/include/X11
Általában szoftvert nem kellene installálni vagy karbantartani a fenti szimbolikus kötéseken (links) keresztül. Ezek csak felhasználói hasznosításra szántak. A nehézség az X Window Rendszer kiadott verziójával kapcsolatban - ami csak átmeneti időközönként lép fel -, hogy nem lehet azt tudni, hogy az X11 melyik verziója van használatban.
A /usr/X11R6/lib/X11 könyvtárban található gépspecifikus adatokat csak demonstrációs fájlokként kellene értelmezni, mivel az alkalmazások által az adott számítógépről megkövetelt információknak (olyan fájlokból, mint az Xconfig, XF86Config vagy a system.twmrc) egy, a /etc/X11 könyvtárban lévő konfigurációs fájlra kellene utalni, amely egy hivatkozás (link) is lehet egy a /usr/X11/lib könyvtárban helyetfoglaló fájlra.